BioBlender je programski paket, zasnovan na odprtokodni programski opremi za 3D modeliranje.Biologija deluje na nanoseščini, s predmeti nevidnimi za človeško oko.Z BioBlenderjem je mogoče na podlagi znanstvenih podatkov in najvišjega standarda 3D manipulacije prikazati nekaj znakov, ki naseljujejo naše celice.Znanstveniki po vsem svetu preučujejo beljakovine na atomski ravni in odlagajo informacije v javno skladišče Protein Data Bank, kjer je vsaka molekula opisana kot seznam svojih atomov in njihovih 3D koordinat .... Z uporabniki BioBlender lahko ravnajo z beljakovinami v 3D prostoru, prikazujejo svojo površino na fotorealističen način in izpopolnjujejo beljakovinske premike na podlagi znanih konformacij.Datoteke PDB lahko naložite iz uporabniško določenega imenika ali jih naložite neposredno s spletnega mesta PDB (z vstavitvijo kode PDB).Protein je prikazan v 3D (kot atomi ali molekularna površina) in uporabnik lahko izračuna in vizualizira njegove površinske lastnosti, Molekularni lipofilni potencial in Elektrostatični potencial.Za gibanje beljakovin BioBlender izračuna vmesne snovi med dvema skladnostima s pomočjo Blender Game Engine.Program daje kot izhod tako vmesne datoteke PDB kot tudi upodobljene slike kot film.BioBlender je implementacija Blenderja, odprtega vira, prosto distribuiranega, večplatformnega, interoperabilnega in podprtega programa 3D animacije, vizualnih učinkov in video iger.Kombinacija 3D računalniške grafike, igralnega pogona in znanstvenih programov naredi BioBlender popoln instrument za izboljšanje gibanja beljakovin in za prikaz njihovih površinskih značilnosti z uporabo vizualne kode, ki temelji na teksturiranju in posebnih delih.Na ta način je mogoče prikazati fizikalne in kemijske lastnosti molekule v gibanju.BioBlender je rezultat sodelovanja, ki ga je vodila skupina SciVis na CNR v Pisi (Italija) med znanstveniki različnih strok (biologija, kemija, fizika, računalništvo) in