AtomEye je atomistična programska oprema za vizualizacijo dovolj hitra, da lahko izpelje simulacije molekularne dinamike z milijoni atomov.Vključuje vzporedne in perspektivne projekcije s polno tridimenzionalno navigacijo, prilagodljivim izračunom vez in koordinacijskih številk, barvno kodiranje poljubnih uporabniško določenih količin, lokalno atomsko sev invariant, barvno polaganje atoma in sledenje, do 16 rezalnih ravnin, periodično mejno stanjeprevodi, posnetki zaslona JPEG, PNG in EPS ter skripta animacije ....