Clone Manager je komercialni programski paket Sci-Ed s programsko opremo za bioinformatiko, ki podpira molekularne biologe z upravljanjem podatkov in omogoča izvedbo nekaterih pri silikonski predanalizi.Clone Manager ponuja obsežen, popolnoma integriran nabor orodij za encimske operacije, simulacijo kloniranja, risanje grafičnih zemljevidov, oblikovanje in analizo temeljnih premazov, globalno in lokalno poravnavo zaporedja, iskanje podobnosti in projekte sestavljanja zaporedja po laboratorijskih velikostih.