Mark of Ninja je sestavljen iz prikrite 2D platforme.Lik se mora prikradeti skozi vrsto okolij, medtem ko se izogiba stražarjem in izvaja tiho odvzem.Ravni so razdeljene na območja svetlobe in teme;lik igralca je neviden, medtem ko je v slednjem.Zvoki, kot je tek, lahko tudi razdelijo mesto igralčevega znaka in so vizualno predstavljeni s hitro naraščajočim krogom.Marker of the Ninja, ki ni nenavaden za platformno platformo, uporablja mehaniko vida, kar pomeni, da so nasprotniki, ki bi bili nevidni za lik, tudi nevidni za igralca, čeprav so njihovi zvoki na zaslonu predstavljeni na enak način kot igralčevi znaki... S približevanjem sovražnikom neodkritega, igračevi lik lahko izvrši uboj z enim zadetkom.Da bi to olajšali, lahko igralec ugasne vire svetlobe, se skrije za predmete in preide skozi ozke rešetke in jaške, nedostopne sovražnikom.Če jih odkrijejo, se morajo izogniti svojim sovražnikom in jih ostati izven določenega obdobja, po katerem se bodo sovražniki vrnili na prvotne položaje in usmrtitve z enim zadetkom bodo še enkrat mogoče.Sovražniki se odzivajo na svoje okolje in drug drugega;sprožijo alarm, če opazijo igralčevega značaja ali najdejo truplo, ki bo opozorilo na vse sovražnike v bližini.Če slišijo zvok ali opazijo igralčevega znaka, postanejo sumljivi, prikažejo jim vprašalnik nad glavo in aktivno iščejo karakterja igralca.Zgodba: Zgodba igre se začne z napadom oboroženih sil na bazo nindže.Neimenovanega glavnega junaka, ki je izpadel po prejemu tetovaže, prebudi ženska ninja po imenu Ora.Z zbiranjem opreme je ninja sposobna premagati vojake in skupaj z drugimi spremljevalci rešiti svojega gospodarja Azaja.Azai mu pripoveduje o moči svoje tetovaže in legendi okoli nje ter razlaga, kako črnilo izvira iz posebne puščavske rože, ki podeljuje posebne veščine, vendar za ceno ...