Prototip 1: Igra je postavljena v New Yorku, kjer se skozi Manhattan širi virulentna kuga, znana kot Blacklight.Okuženi so mutirani v grozne pošasti različnih oblik, z nenadzorovanim nagonom, da ubijejo vse neokužene življenjske oblike.V središču je glavni junak, Alex Mercer, neverjetno močan oblikovalec oblikovalcev brez spomina na svojo preteklost.Vzporedno z zgodbo igre je možnost, da igro igrate kot video igre v peskovniku, kar daje igralcu svobodo, da lahko rova ​​po Manhattnu.Prototype je video-igra, odprta v akcijski pustolovščini, ki jo je razvila družba Radical Entertainment in jo objavila Activision.Igra je bila objavljena v Severni Ameriki 9. junija 2009, v jugozahodnih delih Severne Amerike, pa tudi Oceanije 10. junija, v Evropi pa je bila izpuščena 12. junija .... Zaplet Igra sledi Alex J. Mercerju, ki se zbudiv mrtvašnici v kleti Gentek, podjetja za gensko inženiring s sedežem na Manhattnu, ki je poslalo par znanstvenikov, ki naj bi ravno opravili obdukcijo.Alex pobegne in je priča, kako so ga vojaki operirali.Alex je odkrit in napaden ... Prototip 2: Igra predstavlja novega glavnega junaka Jamesa Hellerja, ko se odpravlja na uničenje virusa Blacklight.Zgodba je tudi maščevalna, saj želi Heller ubiti Alexa Mercerja, protagonista originalnega Prototipa, potem ko je bila njegova družina usmrčena v izbruhu virusa Blacklight.Parcela 14 mesecev po prototipu je bil Manhattan zaradi drugega izbruha, ki je bil precej slabši od prvega, v karanteni in je bil blokiran iz drugih okrožij New Yorka, ki so ga preimenovali v New York Zero (NYZ).New York so bile razdeljene na tri cone, rdečo, rumeno in zeleno cono.Vsaka regija označuje vpliv New Yorka na virus Blacklight.Okuženih je večina okrožij New York Zero.James Heller bo imel misije v vsaki coni in zahtevnost vsake misije bo odvisna od območja