VMD je sposoben delati z zelo velikimi strukturami do meja razpoložljivega pomnilnika.64-bitne različice VMD omogočajo, da se simulacije simulacij velikih velikosti in časovnih lestvic naložijo v fizični pomnilnik in sprejmejo velike volumetrične naloge podatkov.Kapsidna simulacija virusa HIV za 64 milijonov atomov, opisana v številki Nature, 30. maja 2013, je prvovrsten primer, kaj lahko z VMD naredimo na primerno opremljeni grafični delovni postaji.Model HIV-1 je bil pripravljen za simulacijo z uporabo orodij za gradnjo struktur in skriptne značilnosti VMD so bile kasneje uporabljene za analizo poti.Celotna struktura atoma kapsida HIV-1, prikazana na pokrovu Nature, je bila ustvarjena znotraj VMD z uporabo notranjega mehanizma za sledenje žarkom Tachyon, nato pa je bila sestavljena z umetniško predstavitvijo virusne ovojnice in besedila Nature....