VMD je sposoben delati z zelo velikimi strukturami do meja razpoložljivega pomnilnika.64-bitne različice VMD omogočajo, da se simulacije simulacij velikih velikosti in časovnih lestvic naložijo v fizični pomnilnik in sprejmejo velike volumetrične naloge podatkov.Kapsidna simulacija virusa HIV za 64 milijonov atomov, opisana v številki Nature, 30. maja 2013, je prvovrsten primer, kaj lahko z VMD naredimo na primerno opremljeni grafični delovni postaji.Model HIV-1 je bil pripravljen za simulacijo z uporabo orodij za gradnjo struktur in skriptne značilnosti VMD so bile kasneje uporabljene za analizo poti.Celotna struktura atoma kapsida HIV-1, prikazana na pokrovu Nature, je bila ustvarjena znotraj VMD z uporabo notranjega mehanizma za sledenje žarkom Tachyon, nato pa je bila sestavljena z umetniško predstavitvijo virusne ovojnice in besedila Nature....
vmd--visual-molecular-dynamics
Spletna stran:
https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/Kategorije
Alternativa VMD - Visual Molecular Dynamicsu za Mac
![Jmol](https://i.altapps.net/icons/jmol-8fb1.png)
3
![Rasmol](https://i.altapps.net/icons/rasmol-98713.png)
2
![pymol](https://i.altapps.net/icons/pymol-12142.png)
1